Ontwerp een tegengif in 3D - vervolg
Werken met Yasara
Yasara is een programma om eiwitmoleculen te bekijken en te manipuleren. Het is grotendeels in Nederland ontwikkeld door Elmar Krieger. Als Yasara nog niet op je computer is geïnstalleerd, kun je aan een student vragen hoe dat moet.
Opdracht 2:
Zometeen laad je een klein 'oefeneiwit' in Yasara om het programma goed te begrijpen. De aminozuurvolgorde van dit eiwit is Asp-His-Arg-Gly-Gly-Met-Lys-Tyr. De 2D weergave zie je hieronder:
Start Yasara. Nadat Yasara geladen is, kan het eiwit worden ingeladen via het menu aan de linkerbovenkant van het venster: File > Load > Complete scene. Kies het bestand introduction.sce en klik op OK.
Je ziet nu de structuur in de zogenaamde Ball and stick weergave. Dit houdt in dat je de individuele atomen en de bindingen daartussen kunt zien. Let op: de waterstofatomen worden niet weergegeven. Om het eiwitje heen is een zogenaamd Van-der-Waalsoppervlak getekend. Dit geeft aan hoeveel ruimte de atomen werkelijk innemen.
Als je de muisaanwijzer in het onderste gedeelte van het Yasarascherm houdt, verschijnt de zogenaamde aminozuurvolgordebalk. Hierin staan de aminozuren van het eiwit. Met de knop in de linker bovenhoek van de balk (die er uitziet als een blauwe punaise) zet je de balk vast.
Als je op een aminozuur in de balk klikt, gaat het Cα-atoom van dat aminozuur knipperen. Als je de Ctrl-toets inhoudt terwijl je klikt wordt je naar de juiste plaats in het eiwit gebracht. Met de muis kun je het eiwit bewegen (probeer maar) door de muisknop in te houden:
- Links: Roteren
- Midden: Verplaatsen
- Rechts: Zoomen
De atomen zijn gekleurd naar elementen (bijvoorbeeld koolstof of zuurstof). Als je op een atoom klikt krijg je in het tekstveld aan de linkerkant van het venster extra informatie.
Opdracht 3:
- Welke elementen komen in eiwitten voor? Je kunt voor het beantwoorden van deze vraag de lijst met aminozuren gebruiken.
- Welke elementen horen bij de kleuren rood, donkerblauw, groen en lichtblauw in Yasara?
Opdracht 4:
In deze weergave zijn chemische (covalente) bindingen aangegeven als korte stokjes van een bepaalde kleur. Wat is het verschil is tussen de gele en de witte bindingen?
Opdracht 5:
In de 3D structuur zijn drie soorten interacties tussen atomen weergegeven. Schematisch zien die interacties er zo uit.
In Yasara worden deze interacties weergegeven als lange staafjes in de kleuren groen, blauw en oranje.
- Geef voor elke kleur aan over welk type interactie het gaat. Tip: om waterstof te kunnen zien kun je in het menu klikken op
Edit > Add > Hydrogens to All. - Geef in de 2D weergave op je antwoordblad aan tussen welke atomen de interacties plaatsvinden.