Ontwerp een tegengif in 3D

In het vorige deel van dit practicum hebben jullie een zeer sterk gif gevonden. In dit deel van het practicum wordt het gif beter bekeken. Het gaat om het gif atrolysine: het gif van de Crotalus atrox, beter bekend als de Texaanse ratelslang. Deze slangensoort zorgt voor het grootste aantal doden per jaar in de VS. Het gif, een metalloproteïnase, is een enzym dat de beschermlaag van bloedvaten afbreekt, waardoor het slachtoffer zeer ernstige inwendige bloedingen krijgt. Vanwege deze, voor de slachtoffers dodelijke, eigenschap is er een grote vraag naar een geschikt tegengif.

In dit practicum gaan we een tegengif ontwerpen door de ruimtelijke structuur van het atrolysine te bestuderen. Deze 3D structuur is van groot belang voor de werking van het eiwit.

Belangrijk is verhouding tussen atomen in het lichaam en het lichaam zelf. Eigenlijk een relatie tussen biologie en scheikunde. In onderstaande figuur is deze relatie weergegeven.

Opdracht 1:

Tijdens de opdracht in MRS hebben jullie gekeken naar de primaire structuur van het eiwit: de aminozuurvolgorde. Sommige aminozuren zijn in het eiwit belangrijker dan andere. Hoe kun je door mutaties aan te brengen in de aminozuurvolgorde bepalen welke aminozuren het belangrijkst voor het eiwit zijn?

Klik hier om naar het volgende onderdeel te gaan