Voedsel en Vertering

Deze korte lesmodule gaat in op het sleutel-slot-principe: twee moleculen die precies in elkaar passen, waardoor een reactie ontstaat. Deze module kunt u behandelen ter aanvulling op het hoofdstuk ‘voeding en vertering’. Leerlingen kunnen zelfstandig de module doorwerken met behulp van de leerlingenhandleiding.

CONCENTRISCHE OPZET

De lesmodule is concentrisch van opzet. Dat is op verschillende manieren in de les te gebruiken. Enerzijds kan de module worden ingezet aan het begin van een thema. De grijze vragen worden dan weggelaten. Aan het einde van het thema kunnen deze grijze vragen dan alsnog worden gemaakt. Anderzijds kunnen de grijze vragen ook ‘bonus’-vragen zijn, zodat de leerlingen die het onderwerp leuk vinden of het beter snappen iets meer uitdaging kunnen krijgen.

PRAKTISCHE INFORMATIE

In de lesmodule zijn plaatjes van 3D modellen van eiwitten weergegeven. Deze plaatjes komen uit het programma Yasara. Met Yasara kunt u op de computer laten zien hoe een eiwit er precies uitziet. Het is leuk en interessant voor de leerlingen om deze eiwitanimaties digitaal te laten zien. Ook kunnen de leerlingen prima zelf aan de slag met Yasara. Als uw school het programma Yasara niet heeft, kunt u het gratis downloaden:

Yasara installeren:

1. Ga naar: www.yasara.org en klik op ‘Products’ in het menu.

2. Kies vervolgens ‘freely download now’ achter Yasara View.

3. Vul het formulier in. Bij ‘departement’ kunt u de naam van uw school invullen. Uw emailadres wordt alleen gebruikt voor het verzenden van de download-link.

4. Via een email krijgt u een download-link, hiermee kunt u Yasara in de gewenste map op uw computer plaatsen.

5. Installeer Yasara volgens de instructies.

6. Eventueel kunt u aanvullende informatie over Yasara hier vinden of uw vraag stellen via onderwijs@nbic.nl.

Vervolgens kunt u op www.pdb.org de gewenste eiwitten opzoeken.

1. Ga naar www.pdb.org

2. Type bij ‘Search’ het gewenste eiwit in (in het Engels!), bijvoorbeeld lipase

3. Klik op het zoekresultaat waarvoor u zocht, bijvoorbeeld de eerste hit

4. Klik rechtsboven op ‘Download files’ en vervolgens op ‘PDB file (text)’

5. Sla het bestand op in de map PDB in de map Yasara

6. Vervolgens kunt u het bestand met Yasara openen. Start Yasara op

7. Klik achtereenvolgens op ‘File’, ‘Load’, ‘PDB file’

8. Selecteer het eiwit wat u gedownload heeft en klik op ‘OK’. Het eiwit verschijnt in beeld.

Configuratie in Yasara:

Yasara is een programma waarin u moleculen in 3D kunt bekijken.

1. Een bestand kunt u inladen via file > load > Yasara scene of PDB-file. In deze module worden enkel Yasara scene-files gebruikt. Wanneer u klaar bent met het bekijken van een file, kunt u deze afsluiten door file > new en daarna een nieuwe file openen.

2. Om het molecuul te draaien gebruikt u de muis en de pijltjestoetsen op het toetsenbord.

– Houdt de linkermuisknop ingedrukt en beweeg de muis: draaien van het molecuul

– Houdt de rechtermuisknop ingedrukt en beweeg de muis naar voren en achter: in- en uitzoomen

– Met behulp van de pijltjestoetsen kan het molecuul bewegen over het scherm

3. Yasara kan verschillende weergaves laten zien. Gebruik hiervoor de toetsen F1 t/m F8.

– Ball-weergave: F1

– Ball&Stick-weergave: F2

– Stick-weergave: F3

– Trace-weergave: F4

– Tube-weergave: F5

– Ribbon-weergave: F6

– Cartoon-weergave: F7

– Met F8 kunt u in iedere bovengenoemde weergave de restgroepen van de aminozuren zichtbaar of onzichtbaar maken.

Sommige bestanden zijn zo gemaakt, zodat bepaalde delen van het molecuul goed zichtbaar zijn. Deze instellingen wist u door gebruik te maken van de verschillende weergaves. Wanneer u de vooraf ingestelde weergave weer terug wilt krijgen, kunt u het bestand opnieuw openen.

Handleiding

Wilt u de docentenhandleiding ontvangen, mailt u dan naar onderwijs@nbic.nl