GLOSSARY
Hieronder treft u een overzicht van moeilijke woorden en begrippen die je kunt tegenkomen in de bioinformatica en genomics.
Acetylcholine receptor
Een eiwit die in het celmembraan zit en verantwoordelijk is voor de binding van de neurotransmitter acetylcholine.
Alignment
Twee aminozuurvolgorden met elkaar vergelijken
Arabidopsis thaliana
Zandraket, een modelorganisme voor planten waarvan het genoom bekend is
Β-barrel
Een grote β-sheet die gedraaid, als een tunnel, vaak door het celmembraan steekt
B-BLAST
Basic Local Alignment Search Tool vindt regio’s die gelijk zijn tussen sequenties
C. elegans
Een soort worm, een modelorganisme waarvan het genoom bekend is
Cladogram
Een cladogram is een afstammingsboom. Het is een figuur waarin je kunt zien hoe verwant sommige dieren of planten onderling zijn.
E. coli
Een bacterie die wordt gebruikt als modelorganisme waarvan het genoom bekend is
EMBL
European Molecular Biology Laboratory is Europa’s grootste laboratorium voor basis onderzoek in moleculaire biologie
Endohydrolyse
Het splitsen van chemische verbindingen onder opneming van water binnen een molecuul
Lipasen
Vet splitsende enzymen die vetten splitsen in glycerine en vetzuren
Maize
Maïs is een model organisme voor planten. Het hele genoom is gesequenced. Het bestaat uit 10 grote chromosomenparen die makkelijk bestudeerd kunnen worden onder de microscoop
Mimulus
Een model organisme voor planten die veel wordt gebruikt in evolutionaire en functionele genoom studies
miRNA
Een volgorde van niet-coderend RNA van 20 tot 25 nucleotiden lang wat onderdeel is van de epigenetischemechanismen die de expressie van genen reguleren
Misc RNA
Soort RNA wat bijvoorbeeld kan deel uit maken van verschillende ribonucleaire eiwit complexen
Modelorganismen
Organismen waarvan het genoom bekend is. Bijvoorbeeld de mens, chimpansee, koe, muis, rat, zebravis, C. elegans, E. coli en arabidopsis. Als u iets wilt weten over een eiwit, kunt u het best informatie over dat eiwit halen uit een modelorganisme, omdat daar het meest over bekend is
Monosachariden
De eenvoudigste vorm van koolhydraten
MRS
Een zoekmachine voor biologische en medische databanken
Myoglobine
Een zuurstofbindend eiwit dat in grote hoeveelheden voorkomt in de spieren
Nucleolus
Het deel van de celkern van een eukaryoot waar het DNA het meest gecondenseerd is
Oligosachariden
Koolhydraten die zijn opgebouwd uit een klein aantal (3-9) monosacharide-eenheden
OMIM
Online Mendelian Inheritance in Man, een databank van menselijke genen en genetische defecten
Open reading frame
Volgorde van basen die begint met een startcodon en die daarna over een lang traject een aaneensluiting van tripletten geeft die elk voor zich coderen voor een aminozuur en die niet door een stopcodon wordt onderbroken
PDB
Protein Data Base. Een databank waarin eiwitten zijn opgeslagen. Bestanden in deze databank zijn pdb-bestanden. Deze kunnen worden gelezen door het programma Yasara.
Phylogenetic tree
Een grafische manier om relaties van een groep organismen weer te geven
Physomitrella patens
Een mos die gebruikt wordt als model organisme en die steeds vaker gebruikt wordt bij studies over de ontwikkeling en moleculaire evolutie van planten
Polymeer
Een molecuul dat bestaat uit een sequentie van meerdere identieke of soortgelijke delen die aan elkaar zijn gekoppeld
Polysachariden
Koolhydraten die zijn opgebouwd uit een groot aantal monosacharide-eenheden. Zetmeel is bijvoorbeeld een polysacharide
Pseudogenes
Disfunctionele verwanten van bekende genen die hun eiwitcoderende vermogen hebben verloren of niet meer tot expressie komen in de cel
Rice
Rijst. Wordt gebruikt als model organisme voor graansoorten . Het heeft een van de kleinste genomen van alle graansoorten en het hele genoom is gesequenced
rRNA
Ribosomaal RNA, een speciaal RNA-molecuul dat belangrijk is voor de eiwitsynthese
snoRNA
Een klasse van kort enkelstrengs RNA-materiaal dat zich in de nucleolus bevindt
snRNA
Kleine RNA moleculen die zich bevinden in de nucleus van eukariotische cellen
Swiss-Prot
Een databank van hoge kwaliteit voor het opzoeken van eiwit-informatie
Titine
Titine is het grootste eiwit in ons lichaam en functioneert als een moleculaire veer die verantwoordelijk is voor de passieve elasticiteit van de spieren
Uniprot KB
De UniProt Knowledgebase bevat een verzameling van functionele informatie over eiwitten
Yasara
Een computerprogamma waarmee je de 3D structuur van eiwitten kunt bekijken
X-ray diffractie
Een techniek om de structuur van vaste stoffen te bepalen. Deze techniek wordt gebruikt om de werkelijke structuur van een eiwit te meten
Staat jouw woord of begrip er niet tussen? Kijk eens in de (Engelse) wikipedia van de afdeling bioinformatica van het UMC St. Radboud. Of vraag het ons, dan kunnen wij hem toevoegen aan deze lijst.