GLOSSARY

Hieronder treft u een overzicht van moeilijke woorden en begrippen die je kunt tegenkomen in de bioinformatica en genomics.

Acetylcholine receptor

Een eiwit die in het celmembraan zit en verantwoordelijk is voor de binding van de neurotransmitter acetylcholine.

Alignment

Twee aminozuurvolgorden met elkaar vergelijken

Arabidopsis thaliana

Zandraket, een modelorganisme voor planten waarvan het genoom bekend is

Β-barrel

Een grote β-sheet die gedraaid, als een tunnel, vaak door het celmembraan steekt

B-BLAST

Basic Local Alignment Search Tool vindt regio’s die gelijk zijn tussen sequenties

C. elegans

Een soort worm, een modelorganisme waarvan het genoom bekend is

Cladogram

Een cladogram is een afstammingsboom. Het is een figuur waarin je kunt zien hoe verwant sommige dieren of planten onderling zijn.

E. coli

Een bacterie die wordt gebruikt als modelorganisme waarvan het genoom bekend is

EMBL

European Molecular Biology Laboratory is Europa’s grootste laboratorium voor basis onderzoek in moleculaire biologie

Endohydrolyse

Het splitsen van chemische verbindingen onder opneming van water binnen een molecuul

Lipasen

Vet splitsende enzymen die vetten splitsen in glycerine en vetzuren

Maize

Maïs is een model organisme voor planten. Het hele genoom is gesequenced. Het bestaat uit 10 grote chromosomenparen die makkelijk bestudeerd kunnen worden onder de microscoop

Mimulus

Een model organisme voor planten die veel wordt gebruikt in evolutionaire en functionele genoom studies

miRNA

Een volgorde van niet-coderend RNA van 20 tot 25 nucleotiden lang wat onderdeel is van de epigenetischemechanismen die de expressie van genen reguleren

Misc RNA

Soort RNA wat bijvoorbeeld kan deel uit maken van verschillende ribonucleaire eiwit complexen

Modelorganismen

Organismen waarvan het genoom bekend is. Bijvoorbeeld de mens, chimpansee, koe, muis, rat, zebravis, C. elegans, E. coli en arabidopsis. Als u iets wilt weten over een eiwit, kunt u het best informatie over dat eiwit halen uit een modelorganisme, omdat daar het meest over bekend is

Monosachariden

De eenvoudigste vorm van koolhydraten

MRS

Een zoekmachine voor biologische en medische databanken

Myoglobine

Een zuurstofbindend eiwit dat in grote hoeveelheden voorkomt in de spieren

Nucleolus

Het deel van de celkern van een eukaryoot waar het DNA het meest gecondenseerd is

Oligosachariden

Koolhydraten die zijn opgebouwd uit een klein aantal (3-9) monosacharide-eenheden

OMIM

Online Mendelian Inheritance in Man, een databank van menselijke genen en genetische defecten

Open reading frame

Volgorde van basen die begint met een startcodon en die daarna over een lang traject een aaneensluiting van tripletten geeft die elk voor zich coderen voor een aminozuur en die niet door een stopcodon wordt onderbroken

PDB

Protein Data Base. Een databank waarin eiwitten zijn opgeslagen. Bestanden in deze databank zijn pdb-bestanden. Deze kunnen worden gelezen door het programma Yasara.

Phylogenetic tree

Een grafische manier om relaties van een groep organismen weer te geven

Physomitrella patens

Een mos die gebruikt wordt als model organisme en die steeds vaker gebruikt wordt bij studies over de ontwikkeling en moleculaire evolutie van planten

Polymeer

Een molecuul dat bestaat uit een sequentie van meerdere identieke of soortgelijke delen die aan elkaar zijn gekoppeld

Polysachariden

Koolhydraten die zijn opgebouwd uit een groot aantal monosacharide-eenheden. Zetmeel is bijvoorbeeld een polysacharide

Pseudogenes

Disfunctionele verwanten van bekende genen die hun eiwitcoderende vermogen hebben verloren of niet meer tot expressie komen in de cel

Rice

Rijst. Wordt gebruikt als model organisme voor graansoorten . Het heeft een van de kleinste genomen van alle graansoorten en het hele genoom is gesequenced

rRNA

Ribosomaal RNA, een speciaal RNA-molecuul dat belangrijk is voor de eiwitsynthese

snoRNA

Een klasse van kort enkelstrengs RNA-materiaal dat zich in de nucleolus bevindt

snRNA

Kleine RNA moleculen die zich bevinden in de nucleus van eukariotische cellen

Swiss-Prot

Een databank van hoge kwaliteit voor het opzoeken van eiwit-informatie

Titine

Titine is het grootste eiwit in ons lichaam en functioneert als een moleculaire veer die verantwoordelijk is voor de passieve elasticiteit van de spieren

Uniprot KB

De UniProt Knowledgebase bevat een verzameling van functionele informatie over eiwitten

Yasara

Een computerprogamma waarmee je de 3D structuur van eiwitten kunt bekijken

X-ray diffractie

Een techniek om de structuur van vaste stoffen te bepalen. Deze techniek wordt gebruikt om de werkelijke structuur van een eiwit te meten

Staat jouw woord of begrip er niet tussen? Kijk eens in de (Engelse) wikipedia van de afdeling bioinformatica van het UMC St. Radboud. Of vraag het ons, dan kunnen wij hem toevoegen aan deze lijst.