Moord op het vliegveld – vervolg

Opdracht 1:

Om eiwitten te onderzoeken wordt het programma MRS gebruikt. Dit programma werkt in je browser. Let op: gebruik hiervoor Firefox, Chrome of Internet Explorer 9. Als je een oudere browser gebruikt en je hebt geen rechten om een andere browser op je computer te installeren, dan kun je ook gebruik maken van Firefox Portable. Deze kun je rechtenvrij downloaden en installeren via http://portableapps.com/apps/internet/firefox_portable.

Start MRS.

Het beginscherm ziet er als volgt uit: (De nieuwste MRS heeft een nieuwe lay-out, maar is vergelijkbaar met onderstaande voorbeelden van schermen.)

Opdracht 2:

Kies BLAST in het menu.

Je start hiermee het programma BLAST. Je ziet hieronder het voorbeeldscherm met daarin de aminozuursequentie van het eerste eiwit. De eerste regel moet altijd beginnen met een > met daarachter de naam van het eiwit (dit is het zogenaamde FASTA formaat). Hier is gekozen voor de naam kandidaat1.

Opdracht 3:

Dit is de aminozuurvolgorde van het eerste eiwit: (de aminozuurvolgorde staat in een FASTA formaat)

>kandidaat1
RPKHPIKHQG LPQEVLNENL LRFFVAPFPE VFGKEKVNEL SKDIGSESTE DQAMEDIKQM
EAESISSSEE IVPNSVEQKH IQKEDVPSER YLGYLEQLLR LKKYKVPQLE IVPNSAEERL
HSMKEGIHAQ QKEPMIGVNQ ELAYFYPELF RQFYQLDAYP SGAWYYVPLG TQYTDAPSFS
DIPNPIGSEN SEKTTMPLW

  • Kopieer nu de aminozuurvolgorde van kandidaat1 naar het venstertje
  • Zorg ervoor dat de optie Filter sequence (low complexity) uitgevinkt is
  • Klik op Run BLAST (rechts bovenaan)

Je komt nu in het volgende scherm, waar running komt te staan terwijl BLAST bezig is. Als je met veel computers tegelijkertijd bezig bent kan dit eventjes duren. Je bent tenslotte een database met honderdduizenden eiwitsequenties aan het doorzoeken!

Als de zoektocht klaar is verschijnt er een balkje met resultaten dat lijkt op hetgeen hieronder is weergegeven (de getallen kunnen veranderen na updates van SwissProt):

Deze output betekent dat er 101 hits zijn gevonden in de database SwissProt. Dat wil zeggen, er zijn 101 eiwitten gevonden waarvan de aminozuurvolgorde lijkt op die van kandidaat1. Hoe kleiner de e‑Value, hoe betrouwbaarder het resultaat.

Klik hier om naar het volgende onderdeel te gaan