Moord op het vliegveld – vervolg

Opdracht 4:

Klik nu de regel aan om verder in detail naar de gevonden resultaten te kijken. Het volgende scherm verschijnt:

Dit is de lijst van aminozuurvolgordes die gevonden zijn in de databank.

Van links naar rechts lees je op elke regel de eigenschappen van een hit:

  • Nr: Het nummer van het gevonden resultaat. Op nummer 1 staat de beste hit, net als bij Google.
  • ID: Dit is de code van de gevonden aminozuurvolgorde uit de databank. Het eerste deel (bij de eerste hit casa1) slaat op de naam van het eiwit. Het tweede deel van de naam (bij de eerste hit bovin) wordt gevormd door een afkorting van het organisme, in dit geval bovine.
  • Coverage: Hier zie je in kleur welk deel van de ingevoerde volgorde (kandidaat1) overeenkomt met de volgorde in de database (die is in grijs gegeven). Op de eerste regel zie je dat jouw volgorde van begin tot eind overeenkomt met CASA1_BOVIN uit de databank
  • Description: een korte omschrijving van het eiwit uit de databank.
  • HspsBitscore en E-value: Getallen die het programma berekent om aan te geven hoe betrouwbaar het resultaat is.

Opdracht 5:

Klik op het gekleurde balkje en daarna nog een keer op het tweekleurige balkje. Bekijk de gegevens.

Dit is een zogenaamde alignment van twee aminozuurvolgordes. Q (query) is de volgorde van jouw zoekopdracht, in dit geval kandidaat1. S is de aminozuurvolgorde uit de database, in dit geval CASA1_BOVIN. De regel tussen de 2 volgordes bevat de letters van de identieke aminozuren tussen Q en S. Als niet alle aminozuren hetzelfde zijn tussen Q en S zie je hier gaten vallen.

Je kunt zien dat de volgorde van kandidaat1 voor 100% overeenkomt met de volgorde van CASA1_BOVIN (alle 199 aminozuren zijn identiek). Je kunt nu met zekerheid zeggen dat jouw ingevoerde aminozuurvolgorde casa1_bovin is!

Klik op CASA1_BOVIN om te kijken wat in de database nog meer vermeld staat over dit eiwit.

Klik hier om naar het volgende onderdeel te gaan