Ontwerp een tegengif in 3D – vervolg

Vind het beste tegengif

Hieronder staan vier moleculen getekend. De eerste tekening (C-only) stelt het substraat voor zoals je in het filmpje hebt gezien. De andere tekeningen (version 1, 2 en 3) stellen verschillende versies van het tegengif voor.

Opdracht 16:

Bekijk de versies van het tegengif en let op mogelijke waterstofbruggen en ionogene interacties die de verschillende atomen in het substraat met het slangengif zouden kunnen aangaan. Markeer op je antwoordblad de atomen die interacties kunnen aangaan.

Opdracht 17:

Bekijk nu de versies van het tegengif in Yasara.

Open de moleculen via File > Load > Complete scene. Kies het bestand ligand_version1.sce. Je ziet het substraat in de ball and stick weergave. Het slangengif is weergegeven als cartoon met de aminozuren dicht bij het substraat in de stickweergave.

Als je ligand_version1.sce hebt bekeken, herhaal dat dan voor ligand_version2.sce en ligand_version3.sce.

Eindvraag:

Welk substraat zou jij als tegengif gebruiken? Leg uit waarom.

Tot slot

Je bent nu klaar met het practicum van Bioinformatica: Leven in de computer. Hopelijk snap je nu een beetje wat bioinformatica allemaal is en wat je er allemaal mee kunt doen. Dit practicum is slechts een kleine greep uit de vele mogelijkheden binnen de bioinformatica.