Mutaties in het rhodopsinegen

Met behulp van de computer kun je eenvoudig de basenvolgordes met elkaar vergelijken. Dit heet alignen. In de bioinformatica wordt hiervoor het programma ClustalOmega gebruikt.

In bovenstaande afbeelding staat een schematische weergave van een alignment. De basenvolgordes van twee stukken DNA worden naast elkaar gelegd en met elkaar vergeleken. Onderdelen die verschillen van elkaar zijn rood gekleurd.

Volg onderstaande stappen:

1. Ga naar de website van EMBL-EBI.

2. Alle settings mag je gewoon laten staan. Het enige gedeelte dat we gebruiken is het invoerveld. Kopieer beide genen (titel+basenvolgorde) na elkaar, zonder witregel, in het invoerveld.

3. Klik op submit en wacht tot het programma resultaten kan laten zien.

De resultaten openen in dezelfde pagina. Klik op ‘Show Colors’.

Opdracht 4

Onder Alignment staan steeds 3 regels. De eerste regel geeft de ingevoerde basenvolgorde van het normale rhodopsinegen. De tweede regel geeft de ingevoerde basenvolgorde van het rhodopsinegen van het kindje. De derde regel toont de verschillen en gelijkenissen tussen de eerste twee volgordes. Een sterretje betekent dat de basen gelijk zijn. Als de basen verschillen, staat er geen sterretje.

A. Hoeveel verschillen kun je vinden tussen de twee basenvolgordes?

B. Zoek het tweede verschil op. Wat is het codon van het gezonde rhodopsinegen? En wat is het codon van het kindje? (NB: iedere regel start met een nieuw codon)

C. Voor welk aminozuur codeert dit codon in het normale rhodopsinegen? Gebruik hiervoor de codontabel

D. Voor welk aminozuur codeert dit codon in het rhodopsinegen van het kind? Gebruik hiervoor de codontabel

E. De andere verschillen in basenvolgordes staan in een tabel op je antwoordenblad. Zoek bij iedere verandering de gemuteerde base en het veranderde aminozuur op. Gebruik hiervoor de codontabel. Een aantal antwoorden zijn al gegeven.

 

Opdracht 5

A. Onder aan de alignment kun je zien dat het gezonde rhodopsine gen en dat van het kindje uit 1047 basen bestaat. Drie basen coderen voor 1 aminozuur. Uit hoeveel aminozuren bestaat het eiwit rhodopsine?

B. Het hoeveelste aminozuur is veranderd bij de eerste mutatie? Vul dit antwoord in de tabel van opdracht 4.

C. Maak de rest van de tabel compleet. Deze complete tabel hebben we straks nodig bij het doorvoeren van de mutaties in 3D-software.

Klik hier om naar het volgende onderdeel te gaan