Rhodopsine beter bekeken

Voordat we verder gaan met het analyseren van de mutaties, gaan we eerst wat meer leren over de functie van rhodopsine.

Rhodopsine is een klein eiwit dat in het membraan van het lichtgevoelige gedeelte van een staafje-cel in het oog zit.

Opdracht 6

A. Waar in onderstaande afbeelding van een oog zitten de staafjes-cellen?

B. Waar in onderstaande afbeelding van een staafje-cel zitten de rhodopsine-eiwitten?

Het programma Yasara kan 3D structuren goed weergeven. Als Yasara nog niet op de computer is geïnstalleerd, kun je dat aan een student vragen.

Volg onderstaande stappen:

1. Start Yasara.

2. Laad rhodopsine via het menu aan de linkerbovenkant van het venster: File > Load > PDB file. Kies het bestand rhodopsin.pdb en klik op OK.

3. Als je de muisaanwijzer in het onderste gedeelte van het Yasarascherm houdt, verschijnt de zogenaamde sequentiebalk. Hierin staan de aminozuren van het eiwit. Met de knop in de linker bovenhoek van de balk (die er uitziet als een blauwe punaise) zet je de sequentiebalk vast.

4. Als je op een aminozuur in de sequentiebalk klikt, gaat het centrale C-atoom van dat aminozuur knipperen. Als je de Ctrl-toets inhoudt terwijl je klikt wordt je volautomatisch naar de juiste plaats in het eiwit gebracht.

5. Met de muis kun je het eiwit bewegen door de muisknop in te houden:

Links: Roteren
Midden: Verplaatsen
Rechts: Zoomen

Opdracht 7

A. Welke elementen uit het periodiek systeem geven de gekleurde bolletjes (groen, blauw, rood etc.) weer?

Druk op F6. Het eiwit wordt nu op een andere manier weergegeven. De helices (helix = vorm van wenteltrap) die je nu ziet zijn bijzondere eiwitstructuren. In dit eiwit zorgen zij voor de hechting in het membraan.
Tussen de helices zit een klein molecuul: retinal.

Retinal verandert van vorm onder invloed van licht. Inactief retinal (kromme structuur) geeft geensignaal door aan de hersenen. Actief retinal (rechtere structuur) geeft wel een signaal door aan de hersenen.

B. Is retinal in het 3D-eiwit actief of inactief?

Klik hier om naar het volgende onderdeel te gaan